Aplicación de técnicas computacionales al estudio de péptidos inhibidores de la proteasa del vih-1 y su implicación en el diseño de nuevos derivados

Resumen

En el desarrollo de un trabajo de investigación encaminado a la obtención de nuevos agentes con propiedades anti-SIDA realizado en el departamento de Medicina Interna de la Universidad de Navarra, se sintetizaron dos series de péptidos que mostraron actividad como inhibidores de la proteasa del VIH-1: A,- Péptidos análogos a una secuencia de corte reconocida por la enzima (serie SC) B,- Péptidos sintetizados a partir de una secuencia del receptor CD4 de los linfocitos T (serie CD). El presente trabajo se centra en la caracterización de la conformación bioactiva de ambas series de péptidos como primer paso para el diseño de nuevos peptidomiméticos mediante la aplicación de distintas técnicas de modelización molecular. Para ello, se ha realizado el análisis comparativo de las características estructurales de diversas moléculas activas descritas en la literatura de las que se tienen datos experimentales de su estructura tridimensional unida a la proteasa del VIH-1 que será utilizado como referentes para comparar y validar los datos obtenidos en nuestros estudios. Asimismo como paso previo, se ha abordado la comprobación de la bondad de la estrategia empleada en la exploración del espacio conformacional, recocido simulado iterativo vía dinámica molecular, llevándose a cabo la exploración del tripéptido Glu-Asp-Leu, del que se conoce la conformación que adopta en el complejo péptido-proteasa. Los resultados obtenidos en el estudio anterior nos han permitido abordar la caracterización mediante el procedimiento de recocido simulado iterativo vía dinámica molecular de la conformación bioactiva de la serie SC de péptidos de trece aminoácidos basados en una de las secuencias de corte de la proteasa (Val-Thr-Leu-Asn-Phe-Pro-Ile-Ser-Pro-Ile-Glu-Asp-Asp). Para ello, se ha utilizado el método de análisis conformacional comparado, en el que se lleva a cabo un estudio comparativo de dos análogos activos y